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请人装机后，启动项目里有两行，不知道是干什么的：

C:\Documents and Settings\All Users\「开始」菜单\程序\启动\IE.cmd
C:\Documents and Settings\Administrator\「开始」菜单\程序\启动\IE.cmd

两个IE.cmd文件内容完全一样，如下：

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@echo off
reg add "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main" /v "Start Page" /t reg_sz /d http://www.baidu.com/index.php?tn=unun_dg /f
del IE.cmd
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用户系统信息：Mozilla/4.0 (compatible; MSIE 6.0; Windows NT 5.1; SV1; Maxthon; CIBA)

在以下两个区各运行一遍，什么意思？

All Users
Administrator

该命令好像是设置ie主页为百度首页的，设置后再删除该命令文件。

主要是让所有用户都设置IE主页为百度，这些命令自动修改注册表添加IE主页问题，这个对与用户影响不大，如果不想使用该主页，可以自己修改主页。
建议直接把运行哪两个文件直接删除。