系统盘问题

我的C盘(系统盘)里什么新文件也没安装,只有原来的系统文件,我把文件都装在了其他盘里,C盘中毒之后,复原了C盘到出厂的状态,其他盘里的文件都没有受损,只是有些程序不能执行了,这是为什么?我该怎么做?谢谢

用户系统信息:Mozilla/4.0 (compatible; MSIE 6.0; Windows NT 5.1; SV1; .NET CLR 1.1.4322)