升级到最新版本，在安全模式下杀毒，杀完后有部份软件用不了，提示“不是32位程序”，请问是什么问题呢？

是不是说config.nt报错，不是32位系统啊？
如果是的话，就插入系统安装盘，比如，XP系统安装盘，运行以下命令，
expand CD-ROM\i386\config.nt_ C:\winnt\system32\config.nt
expand CD-ROM\i386\command.co_ c:\winnt\system32\command.com
expand cd-rom\i386\autoexec.nt_ c:\winnt\system32\autoexec.nt
就可以了。原因可能是病毒感染了这几个文件，比如command.com，然后被杀毒软件删除了。或者是修复故障。